Sebagai BUMN yang melakukan pengelolaan aset Negara untuk dan atas nama Menteri Keuangan, PPA menyadari pentingnya dan peranan tata kelola perusahaan yang baik. PPA memiliki komitmen untuk memenuhi ketentuan terkait yang berlaku dan memastikan bahwa praktek-praktek Good Corporate Governance (GCG) diterapkan secara konsisten serta menjadikan GCG sebagai landasan operasional Perusahaan. Dengan demikian dalam mengelola aset-aset Negara, PPA senantiasa memperhatikan prinsip-prinsip Transparansi, Kemandirian, Akuntabilitas, Pertanggungjawaban dan Kewajaran.

Struktur tata kelola disusun sedemikian rupa sehingga mampu mendukung berjalannya kegiatan pengelolaan aset oleh PPA secara bertanggungjawab dan terkendali. Pemisahan fungsi diatur dengan jelas, antara pihak yang mengambil keputusan dan pihak yang melakukan pengawasan.

Struktur Tatakelola
Struktur tatakelola internal PPA terdiri atas Rapat Umum Pemegang Saham (RUPS) yang diwakili Kementerian BUMN, Komisaris dan Direksi. Sedangkan sebagai BUMN yang bertugas mengelola aset Negara, secara lebih luas struktur governance PPA dapat dilihat mewakili fungsinya sebagai pengelola kekayaan Negara, sekaligus berfungsi melayani publik dari kegiatan pengelolaan aset Negara yang dilakukan.

Selain bertanggung jawab secara korporasi kepada Pemegang Saham sebagaimana ditetapkan dalam Anggaran Dasar, Perusahaan juga bertanggungjawab kepada Menteri Keuangan selaku pengelola aset Negara yang menyerahkelolakan aset kepada PPA sebagaimana yang telah diperjanjikan dalam Perjanjian Pengelolaan Aset antara PPA dengan Menteri Keuangan yang ditandatangani tanggal 24 Maret 2004.

Dengan struktur demikian diperlukan mekanisme berupa aturan, prosedur dan hubungan yang jelas antara pihak yang mengambil keputusan dan pihak yang melakukan pengawasan. Prinsip-prinsip dan praktek GCG selanjutnya diterjemahkan ke dalam sistem kerja dan proses binis PPA menuju terbentuknya budaya perusahaan yang mencerminkan GCG.

Kondisi GCG ini diharapkan dapat dicapai oleh PPA dalam rangka mencapai tujuan jangka panjang PPA, yang dalam pelaksanaan sehari-hari merupakan peran Direksi dengan didukung segenap karyawan PPA.

Penerapan GCG pada PPA menghendaki adanya suatu upaya untuk melindungi dan menyeimbangkan kepentingan antara Pemegang Saham dan stakeholders Perusahaan lainnya. Dalam hal ini diperlukan adanya mekanisme pengecekan yang efektif, pembagian kewenangan serta peran yang seimbang dan saling melengkapi di antara organ Perusahaan. Untuk membangun mekanisme check and balance tersebut, Perusahaan telah memiliki elemen-elemen penting yang mencakup sistem pengendalian internal, sistem audit yang efektif, manajemen risiko serta pelaporan Perusahaan yang andal.

Komisaris
Komisaris PPA berjumlah 6 orang yang bertindak sebagai wakil Pemegang Saham. Salah satu Komisaris merangkap sebagai Komisaris Utama. Tugas Komisaris adalah melakukan pengawasan terhadap kebijakan Direksi dalam melaksanakan pengurusan Perusahaan serta memberi nasehat kepada Direksi termasuk pelaksanaan Rencana Jangka Panjang Perusahaan (RJPP), Rencana Kerja dan Anggaran Perusahaan (RKAP) serta ketentuan-ketentuan Anggaran Dasar, keputusan RUPS dan peraturan perundang-undangan yang berlaku.

Dalam pelaksanaan tugasnya, Komisaris dibantu oleh Sekretaris Komisaris yang diangkat oleh Komisaris. Selain itu, untuk membantu fungsi pengawasan terhadap Perusahaan, Komisaris membentuk Komite Audit.

Komite Audit
Komite audit PPA merupakan perangkat Komisaris PPA yang dibentuk dengan Keputusan Komisaris PPA, yang bekerja secara kolektif dan berfungsi membantu Komisaris dalam melaksanakan tugasnya untuk memastikan efektifitas system pengendalian intern, serta efektifitas pelaksanaan tugas eksternal dan internal auditor.

Keanggotaan Komite Audit PPA terdiri dari satu orang anggota Komisaris sebagai ketua dan 3 orang anggota dari luar Perusahaan, yang bertujuan untuk dapat memberikan penilaian yang obyektif kepada semua pihak yang berkepentingan tentang laporan keuangan dan informasi lainnya melalui Komisaris.

Direksi
Pengurusan PPA dilaksanakan oleh 7 anggota Direksi yang dipimpin oleh seorang Direktur Utama. Direktur Utama dibantu oleh Wakil Direktur Utama dan 5 Direktur lainnya, yang terdiri dari Direktur Pengelola Aset Saham, Direktur Pengelola Aset Kredit dan Properti, Direktur Keuangan dan Dukungan Kerja, Direktur Hukum dan Sumber Daya Manusia serta Direktur Sistem, Prosedur dan Kepatuhan.

Rapat Komisaris dan Direksi
Selain rapat internal Komisaris maupun Direksi, dilaksanakan pula rtapat gabungan Komisaris dan Direksi yang diselenggarakan secara rutin minimal satu kali dalam satu bulan atau waktu tertentu jika diperlukan rapat gabungan tersebut diselenggarakan untuk membahas perkembangan dan/atau dalam rangka pengambilan keputusan berkaitan dengan rencana pelaksanaan kegiatan korporasi dan pengelolaan aset oleh Perusahaan.

Sistem Pengendalian Intern
Sistem pengendalian internal PPA merupakan suatu system yang dirancang untuk memberikan keyakinan memadai (reasonable assurance) dalam mencapai tiga tujuan pokok Perusahaan, yaitu:
- Efektifitas dan efisiensi pengelolaan aset
- Keandalan pelaporan keuangan Perusahaan
- Kepatuhan Perusahaan kepada hukum dan peraturan yang berlaku.

Sistem pengendalian internal PPA ini didukung oleh 5 komponen pengendalian yang saling terkait satu sama lain, yaitu:
- Lingkungan pengendalian
- Penaksiran risiko
- Aktivitas pengendalian
- Informasi dan komunikasi
- Pemantauan

Pengawasan Internal Perusahaan
Unit Satuan Pengawasan Intern (SPI) dibentuk sebagai unit kerja pengawasan intern untuk membantu Direktur Utama dengan tugas pokok melaksanakan audit intern keuangan dan audit operasional serta menilai pengendalian, pengelolaan dan pelaksanaannya serta memberikan saran-saran perbaikan. SPI juga merupakan salah satu unit yang berperan bagi penegakan tata kelola perusahaan yang baik di lingkungan Perusahaan

Sebagai dasar pelaksanaan tugas SPI telah diterbitkan Piagam Audit Intern PPA. Dengan adanya Piagam ini, seluruh tingkatan Management Perusahaan diharuskan untuk memberikan komitmen penuh agar fungsi SPI dapat berjalan sesuai dengan Piagam Audit Intern sehingga dapat mendukungterciptanya tata kelola perusahaan yang baik.

Dengan kedudukannya dalam struktur organisasi Perusahaan, dan sesuai Piagam Audit Intern, SPI dapat melakukan penugasan assurance dam konsultasi terhadap seluruh unit kerja di dalam organisasi Perusahaan, serta dapat menjaga independensi serta obyektivitas terhadap semua tingkatan manajemen yang menjadi obyek penugasan tersebut.

Pengelolaan Risiko Perusahaan
Sama seperti perusahaan lainnya, PPA dalam menjalankan aktivitas pengelolaan dan administrasi aset serta aktivitas operasional menghadapi berbagai risiko, antara lain risiko finansial, risiko operasional dan risiko hukum. Risiko dan potensi risiko tersebut perlu diketahui dan dikelola dengan baik agar dampak/akibatnya dapat dihindari atau diminimalisir.

Direktorat, Sistem, Prosedur dan Kepatuhan merupakan Direktorat dengan tugas dan tanggung jawab untuk memastikan bahwa pengelolaan risiko Perusahaan dilaksanakan dengan efektif dan konsisten, baik di dalam pelaksanaan kegiatan pengelolaan aset maupun untuk kegiatan korporasi, sehingga tujuan Perusahaan dapat dicapai. Fungsi pengelolaan risiko ini meliputi:
- Pengidentifikasian potensi risiko yang mungkin terjadi dalam kegiatan pengelolaan dan administrasi aset serta aktivitas operasional lainnya.
- Pengkajian dan pengukuran akibat dari potensi risiko tersebut.
- Pengidentifikasian langkah-langkah yang dapat memitigasi risiko
- Perumusan dan Pengusulan alternatif kegiatan pengelolaan dan/atau administrasi aset serta aktivitas operasional lainnya yang diyakini memiliki potensi risiko lebih rendah.

Auditor Eksternal
Dalam rangka audit laporan keuangan Perusahaan dan pemeriksaan laporan pelaksanaan Program Kemitraan dan Bina Lingkungan (PKBL), RUPS Perseroan melimpahkan kewenangannya kepada Komisaris untuk menunjuk auditor eksternal untuk melakukan audit laporan keuangan Perusahaan dan pelaksanaan PKBL.

Sekretaris Perusahaan
Sekretaris Perusahaan mempunyai peran sebagai liaison officer antara Perusahaan dengan stakeholders, sekaligus mengembangkan citra positif Perusahaan melalui transparansi komunikasi kepada pihak-pihak terkait